1466
Fatih Sultan Mehmed’in İstanbul’u fethinin ardından bir Osmanlı külliyesine dönüşmeye başlayan Ayasofya’nın kuzey tarafına medrese inşa edildi

1481-1512
II. Bayezid döneminde medrese üzerine bir kat ilave edilip yeni odalar açıldı

1626-1861
Tarihinde birçok kez onarım geçiren medresede en kapsamlı onarımlar 1839-1861 tarihleri arasında Sultan Abdülmecid döneminde yapıldı

1870-1874
Sultan Abdülaziz döneminde Ayasofya Camii’nin çevre düzenlemesi nedeniyle yıkılan medrese, 4 yıl sonra yeniden inşa edildi

1924-1935
İstanbul Belediyesi tarafından kimsesizler yurdu olarak kullanıldı

1936
Ayasofya Camii müzeye dönüştürülürken yeniden yıkıldı

1987
Kültür Bakanlığınca medresenin temel kazı ve araştırmaları yapıldı

2017
Medresenin rekonstrüksiyonuna başlandı

2022
Kültür ve Turizm Bakanlığı Vakıflar Genel Müdürlüğünce ihya edilen yapı 15 Nisan’da açıldı